公司设立办公室(党办、董办)、组织人事部、党建工作部、财务资产部、纪检工作部、投资发展部、工程管理部、运营管理部、应急管理部、审计部、合规管理部11个部门。
现有全资子公司1家:海南水务投资有限公司;控股子公司14家:定安、陵水、琼中、屯昌、保亭、五指山、澄迈、临高、儋州、昌江、白沙、东方、乐东、海控环保等14市县水务(污水处理)公司;参股子公司3家:琼海、万宁、文昌市县水务(污水处理)公司。